เอสไอไอทีก่อตั้งในช่วงที่เศรษฐกิจของประเทศไทยกำลังเติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว พร้อม ๆ กับการลงทุนจากต่างประเทศจำนวนมาก ความต้องการวิศวกรที่สามารถสื่อสารกับผู้เชี่ยวชาญต่างประเทศได้เป็นอย่างดีเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ศ. เกริกเกียรติ พิพัฒนเสรีธรรม อธิการบดีมธ.ในขณะนั้น กับ นายอานันท์ ปันยารชุน นายพารณ อิศรเสนา ณ อยุธยา และท่านผู้หญิงนิรมล สุริยสัตย์ ผู้นำของวงการอุตสาหกรรมในยุคนั้น จึงได้หารือและประสานงานจนได้ก่อตั้ง โครงการวิศวกรรมศาสตร์ภาคภาษาอังกฤษ (Engineering English Program - EEP) ขึ้นในคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2535

เนื่องจากติดขัดด้านโครงสร้างซึ่งยังอยู่ในระบบราชการ และงบประมาณที่จำกัด เมื่อโครงการดังกล่าวดำเนินงานไปได้ระยะหนึ่งจึงได้เปลี่ยนสถานะ ก่อตั้งเป็นสถาบันกึ่งอิสระนอกระบบราชการ ไม่พึ่งงบประมาณแผ่นดิน [1] โดยได้รับความร่วมมือจาก สภาอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย (ส.อ.ท.) และสมาพันธ์องค์กรเศรษฐกิจญี่ปุ่น (Japan Business Federation ซึ่งมักถูกเรียกตามชื่อย่อในภาษาญี่ปุ่น 経団連 ซึ่งอ่านว่า เคดันเรน ) ใช้ชื่อว่า สถาบันเทคโนโลยีนานาชาติ แห่งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ (International Institute of Technology - IIT) เมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2537 และต่อมาได้รับพระราชทานชื่อสถาบันจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2539 เป็น สถาบันเทคโนโลยีนานาชาติสิรินธร ตามพระนามสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ดังเช่นทุกวันนี้